「五·一六」反革命阴谋集团是文革中的大冤案之一。
1967年6月18日，北京钢铁学院张建琪、北京外语学院刘令凯等人组织了一个红卫兵组织，全称为「首都五·一六红卫兵团」（简称「五·一六」），组建时不到100人。其宗旨是炮打周恩来，认为周为「二月逆流」的黑后台。由于「五·一六」炮打的是忠实执行毛泽东文革路线的周恩来，该组织的活动立即受到毛泽东和中共中央的关注。
论组织规模，「五·一六」其实很小而且影响甚微，但1967年9月8日，毛泽东在《人民日报》发表的文章中加了一段话说：「……所谓『五·一六』的组织者和操纵者，就是这样一个搞阴谋的反革命组织。应予以彻底揭露」。 第一次公开在报刊上提出要在全国彻底揭露「五一六反革命阴谋集团」。随之「五·一六」被取缔，张建琪、刘令凯等人被逮捕，押送至天津劳改农场改造。
1968年，中共中央成立清查「五·一六」项目领导小组， 1970年1月31日，中共中央发出《 关于打击反革命破坏活动的指示》，进一步在全国大规模地开展清查「五·一六」运动。
3月27日，中共中央发出《关于清查「五·一六」反革命阴谋集团的通知》。尽管这个通知要求纠正扩大化倾向，制止搞逼供信和采取体罚或变相体罚的手段，并提出「要扩大教育面，缩小打击面」，但是，通知又提出：「国内外阶级敌人同我们的斗争是很复杂的，反革命秘密组织决不是只有一个『五一六』」，鼓动人们去抓更多的「反革命」，该文件并未明确规定『五一六』分子的标准和界限。当时，中共指示，凡是有「三指向」（将矛头指向以毛主席为首的党中央，指向「三支两军」，指向新生事物「革命委员会」）行为的人，就要在这个运动中清查。所谓的「三指向」其实是可以做出多种解释的，这使清查具有了很大的随意性；而「三指向」与以往的「反革命」罪不同的是，它很容易被延伸到「文革」中最活跃的造反派身上。因此，很自然地「清查」运动的矛头就指向了在校大学生里文革初期的积极分子。从吴德的话也可证实这一点。他说，「就是通过这次清查，把『五大领袖』（文化大革命初期，聂元梓、蒯大富、韩爱晶、谭厚兰、王大宾五人曾经被称为学生造反派「五大领袖」）拿下来的，批判、查清了他们的罪行，然后把他们下放去劳动改造」，中共利用红卫兵造反达到目的后，就丢弃， 1971年2月8日，经毛泽东批准，中共中央发出《关于建立『五一六』项目联合小组的决定》。
在从1970年初至1974年在全国范围内开展的清查「五·一六」分子运动中，全国约有300万人被打成「五·一六」分子，连同受牵连的家人超过千万。
在北京地质学院，物探系总共只有120多名教职工，其中108人被打为「五·一六」分子，该校数名师生被整死。
外交部3,000名职工，竟有1,500人被打成「五·一六」分子。许世友在南京抓了20多万名「五·一六」分子。在清查「五·一六」分子运动中，其速度之迅猛、打击之面广、斗争之残酷，手段之残酷，时间之漫长，逼死逼疯逼残的人之多，为文革其他运动所罕见。
在「深挖」中，毛泽东不断发指示：罪行不在大小，关键在于态度；革命的学生要联合，打倒反革命「五·一六」；林彪则发指示：抓「五·一六」一个都不能放过；在这「一个都不能放过」的指令下，宁可错抓百万，不可放走一人，许多甚至没有听说过「五·一六」组织的人被搞得家破人亡，妻离子散。
具有讽刺性的是，日后有些清查「五·一六」项目领导小组的领导和骨干，如陈伯达也被列为「五·一六」阴谋集团的操纵者，「9.13」事件后，林彪被名列操纵者的首位，深挖「五·一六」的江苏省革委会副主任的迟明堂，后来也被打成「五·一六」分子，中共中央「五·一六」项目组办公室主任、公安部长李震自杀身亡。
